根据《财政部国家发展改革委教育部关于完善研究生教育投入机制的意见》（财教〔2013〕19 号）以及《国家发展改革委财政部教育部关于加强研究生教育学费标准管理及有关问题的通知》（发改价格〔2013〕887 号）文件精神，从2014 年秋季学期起，纳入全国研究生招生计划的新入学研究生必须交纳学费，湖南中医药大学学费标准按照（湘 发改价费[2018]99 号）：
1. 全日制学术学位硕士研究生8000 元/人.年
2. 全日制专业学位硕士研究生10000 元/人.年
3. 公共管理专业学位硕士研究生14000 元/人.年
4. 电子信息专业学位硕士研究生14000 元/人.年。
如在2020 招生年度湖南省出台新的文件，湖南中医药大学将作出相应调整，收费标准以最新文件为准。