哈尔滨工程大学学术学位硕士研究生学费标准为8000元/生·学年，专业学位硕士研究生学费标准一般为9000元/生·学年。
工商管理硕士（MBA，不区分全日制、非全日制）全部教学实践环节在哈尔滨完成的，学费总额4.8万元；部分教学实践环节在青岛、烟台完成的，学费总额6万元。学费分2次收取，每次缴纳学费总额的50%。
公共管理硕士（MPA，不区分全日制、非全日制）全部教学实践环节在哈尔滨完成的，学费总额4.2万元；部分教学实践环节在青岛、烟台完成的，学费总额4.8万元。学费分2次收取，每次缴纳学费总额的50%。
学校将继续加大对全日制非定向录取的硕士生的资助力度，通过设立奖助学金、增加助管、助教、助研岗位等措施建立健全多元奖助政策体系，提高研究生待遇水平。具体情况见《哈尔滨工程大学硕士研究生资助体系改革实施方案》（校研字〔2014〕17号）。