重庆交通大学全日制学术型硕士研究生学费为7000元/年，全日制专业学位硕士研究生学费为10000元/年，非全日制硕士研究生学费为16000元/年；住宿费每生1200元/年。以上收费标准均以重庆市教委、财政局、物价局最终核定为准。重庆交通大学硕士研究生学制除汉语国际教育、新闻与传播专业为2年外，其余专业均为3年。
全日制硕士研究生助学金为6000元/年。重庆交通大学还为全日制硕士研究生设置了各种研究生奖学金，包括国家奖学金、新生奖学金、学业奖学金、专项奖学金等。此外，重庆交通大学还设有研究生特殊困难补助基金、研究生“三助一辅”岗位等。具体情况请登陆重庆交通大学研究生院网站查询。
非全日制、全日制定向硕士研究生学校不发放助学金，也不参与奖学金评比。