研究所面向国际干旱区生态、环境、资源领域科技前沿，面向国家“丝绸之路经济带”建设重大需求，面向新疆社会稳定与长治久安主战场，围绕自然资源开发、生态修复、环境治理、生物多样性保育和区域可持续发展等重大问题，重点开展“丝绸之路经济带”生态与环境监测和评估、干旱区水土资源利用与生态安全、新疆和中亚矿产探测与环境治理、干旱区战略生物资源可持续利用、新疆农牧民增收和区域发展等研究。 研究所现有6个博士点、10个硕士点（8个学术型，2个专业型）和3个博士后流动站，在所研究生445人，其中博士生187人，硕士生199人,留学生59人。建有国家荒漠-绿洲生态环境建设工程技术研究中心、荒漠与绿洲生态国家重点实验室、干旱区遥感与地理信息系统重点实验室、中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室、阜康荒漠生态系统观测试验国家站（兼MODIS卫星地面数据接收站）、策勒荒漠生态系统研究国家站、阿克苏绿洲农业生态系统研究国家站、中国科学院干旱区荒漠植物园等，构成了研究干旱区地表过程的重要科研和技术支撑平台。 2020年计划招收学术型硕士研究生54人，招收资源与环境、生物与医药的全日制专业学位硕士研究生16名。招收的学术型和专业学位硕士研究生在学期间享受奖助学金、学业奖学金和野外补助等待遇。