南通大学按照国家和江苏省规定设立各类奖学金，含研究生国家奖学金、研究生学业奖学金、研究生新生奖学金、学者奖学金、社会奖学金等。研究生第一年根据入校情况最高可获得奖学金29000元，第二、三年根据在校期间学习、科研以及社会工作情况最高可获得奖学金34000元。学业特别优秀者在校三年最高可获得奖学金97000元。
学校对家庭困难的研究生在新生入学等方面开辟绿色通道，并提供三助岗位、助学贷款等服务，以便研究生顺利完成学业。